Имеет ли право Заказчик требовать счета-фактуры? Прав ли Заказчик , что заставляет включать в КС так как ему выгодно - там где дешевле, смешивая и счет-фактуры и прайс листы?

Наша компания выиграла тендер на строительство объекта . Все материалы, изделия и конструкции, цены которых отсутствовали в ФССЦ, были включены в тендерную смету по прайс-листам. Так же были определены и стоимости оборудования. Заказчик - бюджет. 
При выполнении работ Заказчик просит предоставить счет-фактуры по факту приобретения  оборудования.
Часть оборудования по факту были куплены дороже, часть дешевле. 
Заказчик требует включить в Акты выполненных работ то оборудование, которое дороже - по прайс листу, как в тендерной смете, а то которое дешевле - по счет-фактурам. 

Прошу дать разъяснения по данным вопросам:
1. Имеет ли право Заказчик требовать счета-фактуры (номер письма или приказа на основании, которых должно выполняться это требование);
2. Прав ли Заказчик , что заставляет включать в КС так как ему выгодно - там где дешевле, смешивая и счет-фактуры и прайс листы;
3. Если идет таким образом "урезание" контракта, то за счет каких средств Подрядчику компенсировать убытки.

Обоснованием ответа на этот вопрос являются Гражданский кодекс РФ и Федеральный закон «О контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг для обеспечения государственных и муниципальных нужд» от 05.04.2013№44-ФЗ
Все зависит от того как отражено в договоре, контракте.

В соответствии с пунктом 1 статьи 22 Федерального закона определение начальной (максимальной) цены государственного или муниципального контракта осуществляется заказчиком строительства.

Согласно пункту 2 статьи 34 Федерального закона, цена заключаемого контракта определяется по итогам проведения торгов. Цена контракта является твердой и определяется на весь срок исполнения контракта. При заключении и исполнении контракта изменение его условий не допускается, за исключением случаев, предусмотренных настоящей статьей или статьей 95 ФЗ.

Изменение условий контракта допускается, если возможность изменений условий контракта была предусмотрена документацией о закупке и контрактом.'

Если в договоре, контракте не прописаны условия предоставления Подрядчиком обосновывающих документов по стоимости приобретенных материалов, то в КС-2 отражается та стоимость, которая была учтена в смете. 

Согласно пункта 6 статьи 709 части второй Гражданского кодекса  при твердой договорной цене подрядчик не вправе требовать увеличения твердой цены, а заказчик её уменьшения.