Смета в ФЕР с индексами 2016 года. В ценах какого квартала составлять КС-2?

Сметы были сделаны в ФЕР, с применением коэффициента перевода на 2 квартал 2016г. 

Может ли подрядная организация закрывать акты выполненных работ текущим кварталом? В каком документе об этом сказано?

Основным регламентирующим отношения между подрядчиком и заказчиком является в данном случае договор (контракт). 

 Если в договоре указана твердая договорная цена, и по расчетам ничего не прописано, то акты закрываются в рамках установленной твердой цены.