Смета сделана с НДС, но подрядчик работает без НДС. Как оформить кс-2 и кто должен это делать?

Вопрос очень емкий, во-первых на этапе подписания КС-2 очень странно ВДРУГ обнаружить, что подрядчик работает по УСН. До начала работ обязательно заключается договор подряда, контракт, без которого едва ли какой подрядчик начнет работу.  Тем не менее, предположим что заключение договора будет позже.  Как оформить КС-2?  Что важно помнить при работе с УСН?

Организации, работающие по упрощенной системе налогообложения все же продолжают оплачивать НДСпоставщикам, другим организациям. В целях обеспечения возмещения затрат подрядных организаций по уплате ими налога на добавленную стоимость (НДС) при определении сметной стоимости строительства и расчетах за выполненные работы, сумма средств на покрытие указанных затрат принимается в размере, установленном законодательством от итоговых данных по сводному сметному расчету на строительство.
Таким образом, к итоговой стоимости СМР необходимо добавить компенсацию НДС на материалы и эксплуатацию машин и механизмов без учета зарплаты механизаторов.